Certyfikaty kwalifikowane wydawane są przez kwalifikowane podmioty, świadczące usługi certyfikacyjne, wpisane do rejestru prowadzonego przez Narodowe Centrum Certyfikacji http://www.centrast.pl. Każdy z wymienionych w rejestrze kwalifikowanych podmiotów ma własną ofertę handlową oraz politykę cenową. Zainteresowany może zakupić sam certyfikat, zapisany na karcie kryptograficznej, albo gotowy zestaw, zawierający wszystkie elementy niezbędne do składania bezpiecznego podpisu elektronicznego. Cena zestawu zależy od okresu ważności wydawanego certyfikatu (1 rok lub 2 lata) oraz znajdującego się w zestawie czytnika kart i oprogramowania.
Ze względu na dużą liczbę podmiotów zobowiązanych do posługiwania się kwalifikowanym certyfikatem bezpiecznego podpisu elektronicznego, płatnicy składek powinni z odpowiednim wyprzedzeniem dokonać jego zakupu dla co najmniej jednego pracownika zajmującego się sprawami ubezpieczeń społecznych.